前言 （Introduction） 在用VASP进行结构优化计算时，稍微复杂一点的体系（电子数较多）有时候碰到这个问题： BRMIX: very serious problems the old and the new charge density differ 这个报错有时候可以忽略，最终也能完成结构优化，但是出现这个报错后往往电子步难以收敛，会跑满默认的步数（NELM = 60），导

MD计算中各类能量相关物理量解析 当用VASP做MD计算后，得到的输出文件slurm-xxxxx.out中有大量关于能量的物理量，根据官方教程，做下笔记。 一个典型的输出大概大概长这样： 12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243444546474849505152 running

本文主要记录一些GitHub和Git的使用笔记。 GitHub Markdown 语法 GitHub基于CommonMark规范拓展了markdown，称为GitHub Flavored Markdown (GFM)，目前在GitHub.com和GitHub Enterprise上支持用户内容的格式。包括README文件，issues和wiki均支持GFM语法。 代码diff GFM中

1. LaTeX基础 [WIP] 2. 高效工具 强烈推荐Mathpix Snip这个工具，可以实现公式截图转LaTeX，效果超级好，公式准确无误！唯一的缺点是每个账户只可以免费转10次图片，不过截图的时候可以尽量把公式截在一张图上，然后可以一次性转成LaTeX，并且只算一次转换。 3. 公式杂记 \[ E=mc^2 \] \[ \begin{eqnarray} \n

对称加密和非对称加密 加密过程和解密过程使用的同一个密钥称作对称加密。由于加密和解密是一对可逆操作，简单高效，开销较小，广泛用于各种加密协议的核心中。常见的加密算法有AES、DES等。对称加密的最大缺点之一就是密钥的管理和分配。由于加密和解密都使用同一密钥，所以密钥不可避免地需要在网络中传播，被 https://www.ruanyifeng.com/blog/2011/08/what_is_a

前言（Introduction） 在用VASP做催化反应机理分析时，自由能变化是最为重要的分析内容之一。通常需要进行频率计算来进行自由能校正[1]。我们常计算的体系一般是某个(系列)结构吸附一些小的分子或者中间产物，这样的情况下频率计算需要以下几个步骤： 复制CONTCAR为POSCAR 修改POSCAR，fix吸附基底，relax表面吸附的分子 修改INCAR参数 IBRION

前言 (Introduction) 作为一个不怎么进实验室做实验的高龄PhD candidate，常年坐在电脑前摸鱼看文献写文章一搞就是一整天，长此以往颈椎和腰都要报废了，所以每隔一段时间起来活动下是很有必要的。如果有个工具/软件能每隔1个小时提醒下，起来喝口水（避免肾结石），去室外散步(运动量达标+保护视力[1][2])，休息10分钟，简直就是一举N得。 一通搜索后发现并没有现成的能满足需